Bediüzzaman'ın hayatının büyük bir bölümünün hapishanelerde, sürgünde, gözaltında geçmesi onun ve talebelerinin inançlarında ne kadar kararlı ve sabırlı olduklarını göstermiştir. Devletin ve milletin çıkarları için hizmet etmeye kendilerini adamış olmalarına rağmen, bazı çevrelerce hep devlete zarar vermeye çalışmakla suçlanmışlardır. Bu çevreler iftiraları ile, daima devletin ve milletin yararını düşünen bu insanları, halkın gözünde zararlı insanlar olarak göstermeyi ve onları küçük düşürmeyi amaçlamışlardır. Örneğin, bu çevreler sahip oldukları yayın organları ve benzeri vasıtalarla, Said Nursi ve talebelerini gizli ve dine dayalı cemiyet kurmak, rejime karşı çıkmak ve Cumhuriyet'in temel ölçülerini yıkmaya davranmakla suçlamışlardır. Bunun üzerine tevkif edilerek Eskişehir Ağır Ceza Mahkemesi'ne çıkarılmak üzere Said Nursi ile birlikte 120 Nur talebesi, o dönemin bazı yazarlarının anlattığına göre, "sanki ihtilal çıkarmışlar gibi kamyonlarla elleri kelepçeli olarak" Eskişehir'e götürülmüşlerdir.
Bu arada belirtmekte fayda bulunmaktadır ki, tüm bu olaylar esnasında Türk polisi ve Türk askeri daima vicdanlı davranmış, Bediüzzaman'a ve Nur talebelerine karşı samimi ve anlayışlı bir tavır göstermişlerdir. Bazı dinsiz çevrelerin kışkırtmaları ve yarattıkları infial nedeniyle onlar görevlerini yerine getirmek zorunda kalmışlar, ama hakkın yanında olduklarını ifade etmekten de çekinmemişlerdir. Örneğin Bediüzzaman ve 120 talebesini Eskişehir'e götürmekle görevli askeri müfrezenin kumandanı kelepçelerini çözerek ibadetlerini rahatça yerine getirmeleri için onlara imkan tanımıştır.
Bir başka önemli İslam mütefekkiri olan Necip Fazıl Kısakürek Son Devrin Din Mazlumları isimli kitabında Bediüzzaman'ın ve Nur talebelerinin gözaltına alınmaları ile ilgili olarak şunları ifade etmektedir:
Baskında Bediüzzaman ve talebelerine ait herşey ele geçtiği halde, ortada itham medarı olabilecek hiçbir şey yoktur. Böyleyken kendisini beraat ettirmiyorlar da idamlık bir ithamın teselli mükafatı halinde, 15 talebesiyle beraber hapse mahkum kılıyorlar. 105 talebe de beraat kararı alıyor."1
Eskişehir Mahkemesi Bediüzzaman'a, Kuran-ı Kerim'den bazı ayetleri tefsir ettiği için 11 ay hapis cezası vermiştir. Eskişehir hapsi sırasında Bediüzzaman oldukça zor günler geçirmiştir. Onu ayrı bir hücrede tecrit etmişler ve türlü zorluklar yaşatmışlardır. Bu hapis sırasında Bediüzzaman'a uygulanan muamelelerden bazı örnekler çeşitli kaynaklarda şöyle aktarılmıştır:
120 talebesiyle Eskişehir hapishanesinde bulunan Said Nursi tam bir tecrid içerisine alınarak, kendisine ve talebelerine çeşitli zulüm ve işkenceler yapılıyor. Talebelerinden Zübeyir Gündüzalp'in anlattığına göre 12 gün yemek verilmiyor."2
Zaten bize idam mahkumu gözüyle bakıyorlardı. Hiçbir ziyaretçi bırakmıyorlardı. 'Siz de idam olacaksınız bunlarla konuşursanız' diyorlardı. Geceleri pislikten, tahta kurularından, hamam böceklerinden uyumak kabil değildi.3
Eskişehir Hapishanesi'nden tahliye olan Bediüzzaman Kastamonu'da karakol karşısında bir evde oda hapsine alınmıştır. 8 sene sonra gelen Denizli Mahkemesi 20 ay hapis cezası vermiş, daha sonra Bediüzzaman Emirdağ'a mecburi ikamete yollanmıştır.
Bütün bu olaylar sırasında sayısız işkence ve eziyete maruz kalmış, defalarca zehirlenmiştir. Son derece yaşlı ve hasta olan Bediüzzaman, özellikle soğuk, nemli ve havasız hücrelerde tutulmuştur. Hapishane günlerindeki hatıralarını Said Nursi şöyle anlatmaktadır:
Pek basit bahanelerle kışın en şiddetli soğuk günlerinde beni tutuklayarak büyük ve gayet soğuk iki gün sobasız bir koğuşta tecrid içinde hapsettiler. Halbuki ben küçük odamda günde birkaç defa soba yakarken ve daima mangalımda ateş tutarken, zafiyet ve hastalığımdan zor dayanabilirdim. 4
Bediüzzaman sözlerinin devamında, önceki bölümlerde de bahsettiğimiz gibi, çektiği bu sıkıntıları hafifleten tesellinin mahkumların İslam'a girmeleri olduğunu söylemektedir.